Częściowe odliczanie VAT z faktur przez gminę

Gmina realizowała zadanie na przebudowę drogi. Zadanie obejmowało m.in. roboty drogowe, budowę kanalizacji sanitarnej i sieci wodociągowej. Zostały wystawione dwie faktury jedna zaliczkowa na 20% wartości całego zadania, a następnie faktura końcowa na pozostałe 80%. Obie faktury nie mają wyszczególnionych osobnych pozycji na roboty drogowe itd. tylko zawierają jedną pozycję jako „przebudowa drogi”. Gmina ma prawo do częściowego odliczenia podatku VAT (w części dotyczącej robót wodno-sanitarnych). Poszczególne kwoty znane są ze zestawienia kosztów potwierdzonego przez wykonawcę. Czy gmina może odliczyć częściowo VAT tylko z faktury końcowej, czy powinna proporcjonalnie odliczyć z faktury zaliczkowej i końcowej?